故事从一系列海上怪事开始，一艘名为“林肯号”的战舰在大西洋上遭遇了一头巨大的“海怪”。为了揭开这个谜团，美国政府派遣了博物学家阿龙纳斯教授和他的仆人康塞尔，以及一位捕鲸手尼德·兰加入追捕行动。然而，在与“海怪”交锋的过程中，“林肯号”不幸被撞毁，阿龙纳斯等人却奇迹般地被“海怪”救起。原来，这并不是什么怪物，而是一艘先进的潜水艇——“鹦鹉螺号”。

随后，阿龙纳斯教授、康塞尔以及尼德·兰成为了尼莫船长的客人。尼莫船长是一个神秘的人物，他对海洋有着深深的热爱，同时也怀揣着对人类社会复杂情感。在接下来的旅程中，他们一起探索了海底世界的奥秘，包括沉没的亚特兰蒂斯、珊瑚礁、冰山等壮丽景观，并经历了诸如与鲨鱼搏斗、遭遇章鱼袭击等一系列惊险事件。

在这一过程中，阿龙纳斯逐渐了解到尼莫船长复杂的内心世界。他既是一位科学家，又是一名反抗压迫者的斗士。他利用“鹦鹉螺号”的力量对抗不公正的社会制度，同时也在用自己的方式保护海洋生态。然而，随着故事的发展，尼莫船长的真实身份也慢慢浮出水面，他的过去充满了悲剧色彩，这也让阿龙纳斯更加深刻地感受到这位船长内心的孤独与痛苦。

最终，在一次意外中，阿龙纳斯三人成功逃离了“鹦鹉螺号”，回到了陆地。但他们的经历却永远改变了他们的人生观。通过这次奇妙的海底之旅，他们不仅见证了大自然的壮美，更体会到了人与自然和谐共处的重要性。

《海底两万里》不仅仅是一部冒险小说，它还蕴含着深刻的哲学思考和社会意义。凡尔纳以他独特的笔触，将科学幻想与人文关怀完美融合，使这部作品成为了一部跨越时代的经典之作。它提醒我们要尊重自然，珍惜和平，同时也激发了人们对未知世界的无限遐想。